La Comisión de Ética en Mediación tiene a su cargo la evaluación de la conducta de los mediadores y comediadores en el ejercicio de sus funciones, así como de los conflictos que se susciten entre mediadores y comediadores, dictando decisiones de carácter vinculante. Una de sus tareas es dictar el Código de Ética para los mediadores que actúen tanto en el ámbito judicial como extrajudicial.
 
La Comisión está integrada por un representante del Superior Tribunal de Justicia de Misiones, el Director del Centro Judicial de Mediación, un representante de los mediadores que integren el Registro de Mediadores y un representante de la Asociación Misionera de Mediación.